Quá mẫn với hoạt chất hoặc bất kỳ thành phần tá dược nào của thuốc.
Chống chỉ định điều trị đồng thời với các thuốc ức chế monoamin oxydase (IMAO) không thuận nghịch do nguy cơ của hội chứng serotonin với các triệu chứng như kích động, run và tăng thân nhiệt. Không bắt đầu điều trị với sertraline trong ít nhất 14 ngày sau khi ngưng điều trị với IMAO không thuận nghịch. Phải ngưng sertraline trong ít nhất 7 ngày trước khi bắt đầu điều trị với IMAO không thuận nghịch.
Chống chỉ định dùng đồng thời với pimozide.